Que de questions en une seule. Ca risque de faire un peu long la réponse car sans quelques explications dire j'y crois ou pas n'a guère de sens. Bon vous êtes assis confortablement ? 
Comme je te l'ai dit, personnellement je n'en sais rien quelles sont les causes exactes de défaillance de certains de ces injecteurs. Lorsque le garagiste n'a pas plus d'infos du constructeur, il faut bien qu'il argumente car c'est lui qui se trouve face au client mécontent qui attend une réponse face à la facture.
Je n'ai jamais eu un sens commercial très poussé mais je peux le comprendre, soit il est sincère et vous répond, désolé c'est la faute à pas de chance on ne sait pas vraiment à quoi c'est réelement du. Ce n'est plus trop dans l'air du temps où tout le monde attend des réponses à toutes questions. Réaction très probable du client, il n'y connaît rien je vais voir ailleurs, il a perdu un client. Soit il adopte la tactique des constructeurs qui est le plus souvent quand on ne sait pas de botter en touche et argumenter de manière telle que c'est soit la faute de l'utilisateur ou de toute autre intervenant ou fournisseur.
A chacun de voir ensuite s'il croit ou non aux arguments avancés.
La carburant de grandes surfaces : je n'y crois pas du tout. C'est un vieux refrain qu'on ressort régulièrement quand on ne sait pas argumenter autrement. Les grandes surfaces ont des contrats d'approvisionnement avec les grands pétroliers. Evidemment on ne va pas vous dire que c'est tel pétrolier qui approvisionne mais les camions chargent exactement aux mêmes terminaux. De toute façon le diesel routier est soumis à des normes auxquelles aucun pétrolier ne déroge. La seule différence sont dans certains cas quelques additifs plutôt de confort (contre la mousse, l'odeur, ...). Les constructeurs étudient les moteurs pour fonctionner avec ces normes de carburant et pas en fonction d'hypothétiques additifs.
On parle bien entendu de stations reconnues à gros débits et pas de petites stations véreuses qui vendent sous le manteau du carburant frelaté d'origine inconnue.
Je ne crois pas plus à l'enseigne miraculeuse qui assurerait une protection divine contre tout incident. Il faut quand même savoir de quoi on parle avant de dire de l'eau ou des crasses dans le diesel.
Aucune station ne va passer son temps à mettre ou laisser entrer de l'eau dans ses citernes, pas plus que les pétroliers ou transporteurs. Les cuves de transport sont auto nettoyantes. Alors de quoi parle-t-on en matière de diesel contaminé ?
Il y a deux soucis principaux qui peuvent se présenter :
la condensation dans les cuves et réservoirs qui est pratiquement inévitable, voilà d'où vient l'eau et la dégradation du carburant par des micros algues prouvant provoquer des dépôts de boues.
Voilà pourquoi le débit d'une station et la durée de stockage sont importants.
A part à votre niveau (stockage de diesel chez vous) la durée n'est pas vraiment un souci dans les stations, l'eau de condensation plus lourde que le carburant décante naturellement, les stations sont équipées de bac spéciaux de décantation pourvus de systèmes d’alarme de niveau. Guère de soucis à se faire, sauf évidemment au moment du remplissage. Mieux vaut donc éviter de faire le plein quand vous voyez le camion à la station. Celà dit aucune différence que ce soit une station avec ou sans enseigne. Dans l'option stockage à domicile, il existe des solutions pour éliminer l'eau de condensation et les algues, ce sont des additifs spécifiques peu utilisés en automobile mais très fréquents dans d'autres domaines où du carburant est stocké parfois très longtemps (ex : en marine).
Rouler sur la réserve : rien que pour éviter de vous retrouver en panne sèche en bord de route je vous le déconseille d'autant que c'est parfois limite ensuite pour réamorcer sur certains véhicules. Que vous rouliez jusqu'au dernier litre ou pas ça n'y changera rien financièrement, quand c'est vide c'est vide ! L'aspiration du carburant ne se fait pas en surface mais bien au fond du réservoir, l'explication avancée d'aspirer eau et crasse ne tient donc pas bien que le conseil peut être suivi. La raison est ailleurs.
Le carburant mis en très haute pression par le système d'injection n'est pas entièrement utilisé par le moteur. Le surplus retourne vers le réservoir via un conduit spécifique. Ce carburant est très chaud (effet de sa mise en pression), lorsqu'il arrive dans le réservoir, mélange chaud et froid, ce qui provoque ... condensation ... donc eau. Pour éviter d'endommager les conduites et pompes du réservoir (plastique) et minimiser ce phénomène de condensation on va donc refroidir ce carburant avant qu'il ne retourne au réservoir (aujourd'hui c'est géré par l'électronique) via un circuit spécifique de refroidissement. Auparavant on avait des réservoirs en métal qui par la température des parois augmentaient d'autant plus ce phénomène de condensation. Très mauvais d'autant que le diesel contenait beaucoup de souffre (souffre + eau = acide sulfurique) d'où corrosion des réservoirs et pièces métalliques (moteur, injecteurs, pompe, ...) et possible "crasses" dans le carburant. Aujourd'hui les réservoirs sont en matière synthétique et le diesel contient bien moins de souffre.
On est toujours là ?
On y arrive, moins de carburant dans le réservoir = plus d'air --> l'eau de condensation provenant de l'air contenu dans le réservoir, moins il y aura de carburant plus vous aurez un risque de condensation.
Reste qu'il peut aussi y avoir des micros organisme en suspension, ils sont arrêtés normalement par le filtre, raison pour laquelle on prévoit son remplacement à interval régulier. Souvent oubliée la vis de purge d'eau du filtre, ce sont des préoccupations de base que tout conducteur de motorisation diesel devrait avoir à l'esprit mais de nos jours c'est écrit filtre 90.000 kms, tout le monde s'en fout, sauf que parfois ça vous rappelle que la mécanique diesel c'est de la précision.
Périodicité de remplacement : pour moi 90.000 kms c'est trop, 60.000 serait bien mieux, pour le reste la différence se fait là pas sur 3/4.000 kms en plus des 90.000 kms (d'ailleurs suffit de prendre un plan d'entretien en miles, tient ça fait des périodicités étranges : 55.926 miles).
Abandon de la technologie de l'injecteur pompe, oui les nouveaux moteurs passent au common rail. Pourquoi : normes de pollution plus strictes (plus facile de piloter les injections avec un système à rampe), système à rampe parvenant aujourd'hui à des pressions équivalentes à celle des injecteurs pompes (ce n'était pas le cas auparavant), système mécaniquement moins complexe donc réduction des coûts de fabrication et potentiellement moins de problèmes où à des coûts moindre. Au passage quelques avantages pour les utilisateurs comme une consommation moindre, moins de bruit et de vibrations, moteur moins brutal (quoi que certains trouvent que c'est un défaut) et donc théoriquement moins de sollicitation aussi pour la transmission et tout ce qui passe le couple au sol.
Ce n'est évidemment que mon avis, à vous maintenant de vous forger votre propre opinion sur la question.
