Une boîte de vitesse ne consomme pas d'huile (sauf fuite à vérifier). De toute façon sur cette boîte tu ne peux même pas vérifier le niveau car dès que tu ouvres le bouchon ça s'écoule car la boîte est légèrement inclinée. Donc pour vérifier le niveau il faut la vidanger et remettre ensuite de l'huile en quantité prévue.
Tu peux toujours tenter mais je ne pense pas que ça résolve ton soucis, un conseil si tu envisages la vidange faire faire par un garage VW car il faut déposer un pivot de palier pour les fourchettes dans la boîte de vitesses et si tu te loupes ...
La commande de vitesse si elle était bruyante le serait dans tous les cas de manipulation du levier.
Essayer de faire tourner la voiture à vide sur un pont pour écarter éventuellement un bruit de roulement de roue.
Après ben faudra démonter pour voir si tu veux aller plus en avant car ça peu être un bruit de butée ou de roulement de boîte.