Je ne sais pas si cela peut vous aider, mais j'avais un problème similaire sur mon ancienne passat 1,9L TDI 115 de janvier 2000.
Il y avait des pertes de puissance considérables lors de l'accélération, à froid surtout. En s'arrêtant et en coupant le contact, la voiture fonctionnait de nouveau normalement.
3 causes apparemment possibles:
- fuites vanne recyclage gaz
- turbo grippé
- débitmètre défectueux

J'ai donc nettoyé la vanne EGR: problème toujours là.
Je suis donc aller faire brancher la valise dans une concession VW (je précise que c'est une petite concession) où j'ai traité directement avec le garagiste (dans d'autres concessions plus grandes il y avait un intermédiaire).
Résultats:
" 1 défaut  détecté:
problème de suralimentation
Différence de régulation sporadiquement"

Donc d'après ce garagiste c'était le système de régulation du turbo qui était défectueux.
Ils me l'ont donc dégrippé: effectivement l'intérieur était très calaminé.
Cette intervention a coûté 275E, ce qui est assez raisonnable pour 4h de travail.

Voila je n'y connais pas grand-chose mais peut-être que cette expérience pourra vous aider!